派遣社員の年末調整はどうやる？確定申告との違いや手続きの流れ

「派遣社員の場合、年末調整ってどうなるのかな」「確定申告が必要になるのか不安」と感じている方も多くいらっしゃるのではないでしょうか。
派遣社員の年末調整は、雇用元である派遣会社を通じて所得税の過不足を精算する手続きです。
しかし、書類の提出先や期限を誤ると、控除漏れや還付の受け取り忘れにつながるため注意が必要です。

この記事では、派遣社員の年末調整の仕組み、派遣会社で行う理由、手続きの流れ、確定申告が必要なケースをわかりやすく解説します。
年末調整の仕組みを知っておけば、面倒な手続きもスムーズに進められるでしょう。

派遣社員の年末調整とは？基礎知識と対象者

派遣社員の年末調整は、1年間の給与に対する所得税の過不足を精算する手続きです。
また、対象となる条件や提出書類を理解しておくと、控除漏れや確定申告の必要性を判断しやすくなります。

以下では、年末調整の役割と対象者の条件を整理します。

年末調整が果たす役割と過不足税額の精算の仕組み

年末調整は、毎月の給与から源泉徴収された所得税を、年末に正しい税額へ調整する仕組みです。
また、毎月差し引かれる所得税は概算で計算されるため、年間の給与額や扶養状況、保険料控除などを反映すると差額が生じる場合があります。

そのため、払い過ぎがあれば還付され、不足していれば追加で徴収されます。
さらに、派遣社員も対象になれば、派遣会社を通じて税額を精算できるため、所得税の過不足も整えやすいでしょう。

控除内容を正しく申告することが、手取り額の確認にもつながります。

派遣社員で年末調整の対象となる条件

派遣社員が年末調整の対象になるかは、その年最後の給与支払時までに扶養控除等申告書を提出しているか、年の中途で対象となる例外に該当するかなどが判断材料です。
そのため、一般的には、その年の12月に雇用契約があり、扶養控除等申告書を提出している場合に対象となります。

また、年の途中で退職した場合や、年末に在籍していない場合は、年末調整を受けられないことがあります。
さらに、複数の派遣会社で働いている場合も、年末調整を受けられるのは原則として主たる給与の支払者のみです。

年末調整と確定申告の決定的な違い

年末調整と確定申告は、どちらも所得税を正しく精算するための手続きです。
しかし、手続きを行う人や申告できる控除の範囲に違いがあります。

以下では、派遣社員が迷いやすい点を、年末調整と確定申告から順に整理します。

手続きを行うのが「派遣会社」か「自分」か

派遣社員の年末調整は、基本的に給与を支払う派遣会社が行います。
そのため、本人は派遣会社から案内された書類を提出し、控除に必要な証明書を添付する流れです。

一方で、確定申告は本人が所得や控除を整理し、税務署へ申告する手続きです。
また、年末時点で派遣会社に在籍し、必要書類を出していれば、年末調整だけで済むケースがあります。
さらに、退職後に再就職していない場合や副業収入がある場合は、自分で確定申告が必要になることがあります。

申告できる所得控除の種類の違い

年末調整で申告できる控除は、扶養控除や配偶者控除、社会保険料控除、生命保険料控除、地震保険料控除などが中心です。
さらに、勤務先へ必要書類を提出することで、給与所得に関する基本的な控除を反映できます。

一方で、医療費控除や寄附金控除、初年度の住宅ローン控除などは、年末調整では対応できない場合があります。
そのため、これらの控除を受けたいときは、年末調整後であっても確定申告で手続きが必要です。

派遣社員の年末調整はどこで行う？

派遣社員の年末調整は、普段働いている派遣先ではなく、雇用元である派遣会社で行います。
また、提出先を誤ると手続きが遅れるおそれがあるため、案内元や書類の提出先を確認しておくことが大切です。

以下では、派遣会社で年末調整の手続きする理由を整理します。

基本的には雇用元である「派遣会社」で手続きする

派遣社員の年末調整は、雇用契約を結んでいる派遣会社が担当します。
また、派遣先で日々の業務を行っていても、給与の支払い元は派遣会社であり、源泉徴収や社会保険の手続きも派遣会社が管理するためです。

さらに、年末調整の時期になると、派遣会社から申告書や提出期限の案内が届くのが一般的です。
そのため、控除証明書などの必要書類をそろえ、期限内に提出すれば、所得税の過不足が給与で精算されます。
案内を見落とさないよう、登録メールやマイページも確認しておくと安心です。

就業中の派遣先企業では対応できない理由

派遣先企業で年末調整ができないのは、派遣先が雇用主ではなく、給与の支払者でもないためです。
さらに、年末調整では、年間の給与額や源泉徴収税額、社会保険料、扶養情報などをもとに税額を計算します。

そのため、これらの情報を管理しているのは派遣会社であり、派遣先企業は正確な税額計算に必要な情報を持っていません。
また、普段働いている職場が派遣先でも、年末調整の窓口は派遣会社になる点を押さえておきましょう。
書類の提出や不明点の確認も、派遣会社の案内に沿って進めます。

派遣社員向け！年末調整手続きの具体的な流れ

派遣社員の年末調整は、派遣会社からの案内に沿って書類を提出し、所得税の過不足を精算する手続きです。
また、期限や必要書類を把握しておくと、控除漏れや提出遅れを防ぎやすくなります。

以下では、派遣社員向けへ年末調整手続きの流れを3つのステップで整理します。

ステップ1：派遣会社からの案内やスケジュールを確認する

年末調整の手続きでは、まず派遣会社から届く案内や提出スケジュールを確認します。
多くの場合、11月頃からメール、郵送、マイページなどで必要書類や提出期限が案内されます。

しかし、期限を過ぎると年末調整に間に合わず、自分で確定申告が必要になる場合があるため注意が必要です。
また、勤務先ではなく派遣会社が窓口になるため、連絡方法や提出先もあわせて確認しておきましょう。

最初に全体の流れを把握しておくと、書類の準備を落ち着いて進められます。

ステップ2：保険料控除申告書などの必要書類を準備・提出する

案内を確認したら、保険料控除申告書や扶養控除等申告書など、必要な書類を準備します。
さらに、生命保険料控除や地震保険料控除を受ける場合は、保険会社から届く控除証明書も添付しましょう。

また、配偶者控除や扶養控除を申告する場合は、家族の所得状況も確認しておくと記入しやすくなります。
一方で、書類に漏れや誤りがあると控除が反映されないことがあるため、提出前に氏名、住所、金額、添付書類の見直しが必要です。

年末調整の還付や控除を確実に受ける際には、期限内に派遣会社へ必要書類を提出することがポイントです。

ステップ3：源泉徴収票や給与明細で還付金の有無を確認する

年末調整が終わったら、源泉徴収票や給与明細で結果を確認します。
また、源泉徴収票には、1年間の給与額、控除額、源泉徴収税額などが記載されます。
さらに、払い過ぎた所得税がある場合は、給与明細に還付金として反映されるのが一般的です。

一方で、不足があれば追加で徴収されることもあります。
そのため、控除を申告したのに反映されていない、金額が想定と大きく違うと感じる場合は、早めに派遣会社へ確認しましょう。

結果を見ておくことで、確定申告が必要かどうかも判断しやすくなります。

派遣社員でも自分で確定申告が必要になる5つのケース

派遣社員でも、勤務状況や控除の内容によっては年末調整だけで手続きが終わらない場合があります。
そのため、年末時点の在籍状況、複数収入、転職時の源泉徴収票、医療費控除などを確認しましょう。

以下では、派遣社員でも自分で確定申告が必要なケースを整理します。

12月末時点で派遣会社と雇用契約を結んでいない場合

12月末時点で派遣会社との雇用契約がない場合、年末調整を受けられず、自分で確定申告が必要になることがあります。
なぜなら、年の途中で契約終了や退職をした場合、派遣会社では年間の所得税を精算できないためです。

さらに、確定申告では、派遣会社から受け取った源泉徴収票をもとに、1年間の給与額や源泉徴収税額を申告します。
また、払い過ぎた税金があれば還付され、不足があれば納付が必要です。

そのため、契約終了後は、源泉徴収票を保管し、申告時期に備えておきましょう。

関連記事：派遣社員の再就職手当について！受給条件や金額の計算方法と手続きを徹底解説

複数の派遣会社を掛け持ち、または副業をしている場合

複数の派遣会社や副業収入がある場合は、年末調整されなかった給与や副業所得の金額によって確定申告が必要になることがあります
さらに、年末調整は原則として主たる給与を受ける1社で行うため、ほかの会社の給与や副業収入まではまとめて精算できません。
そのため、各社から発行される源泉徴収票や副業の収入資料をそろえ、年間の所得を合算して申告します。

一方で、申告をしないと、所得税の過不足が残る可能性があります。
また、収入源が複数ある年は、年末調整後も確定申告の要否を確認しておくと安心です。

年の途中で転職し前職の源泉徴収票を提出していない場合

年の途中で転職した場合、前職の源泉徴収票を現在の派遣会社へ提出していない場合、自分で確定申告が必要になることがあります。
なぜなら、前職分の給与や源泉徴収税額が合算されないまま年末調整されると、年間の正しい税額を計算できないためです。
そのため、手元に前職と現職の源泉徴収票がある場合は、両方をもとに確定申告を行います。

また、源泉徴収票を紛失したときは、発行元へ再発行を依頼しましょう。
一方で、転職した年は、書類の提出状況を早めに確認することが大切です。

医療費控除や初年度の住宅ローン控除を受けたい場合

医療費控除や初年度の住宅ローン控除を受けたい場合は、年末調整だけでは手続きが完了しません。
そのため、これらの控除は、本人が必要書類をそろえて確定申告を行う必要があります。
また、医療費控除では医療費の明細書、住宅ローン控除の初年度では借入金残高証明書や登記事項証明書などが必要です。

さらに、確定申告を行うことで、年末調整では反映されなかった控除が適用され、所得税が還付される場合があります。
控除を受けたい年は、早めに必要書類を確認しておきましょう。

給与に交通費が含まれており非課税分を申告したい場合

給与に交通費が含まれて支給されている場合、扱いによっては確定申告で確認が必要です。
また、通勤手当として区分されていれば一定額まで非課税ですが、給与としてまとめて扱われていると、課税対象に含まれている可能性があります。
そのため、源泉徴収票や給与明細を確認し、交通費の区分が不明な場合は派遣会社へ確認しましょう。

さらに、非課税として扱える金額が課税されていた場合は、確定申告で調整できることがあります。
交通費の支給形態を確認することが、払い過ぎを防ぐポイントです。

確定申告を忘れたらどうなる？無申告のリスク

確定申告が必要な人が手続きを忘れると、税金の精算ができないません。
それだけではなく、還付を受け損ねる可能性やペナルティが発生する場合があります。

以下では確定申告の無申告によるリスクを確認しておきましょう。

無申告加算税や延滞税などのペナルティが発生する

確定申告が必要な人が期限までに申告しないと、無申告加算税や延滞税が発生する場合があります。
無申告加算税とは、申告期限までに申告しなかったときに本来の税額へ上乗せされるものです。
さらに、延滞税は、納付が遅れた期間に応じて加算されます。

また、税務署から指摘を受ける前に自主的に申告すれば、負担が軽くなることもあります。
一方で、放置すると納税額が増えるおそれがあるため、申告漏れに気づいた段階で早めに対応しましょう。

払いすぎた所得税（還付金）が手元に戻ってこない

確定申告をしないことで、払い過ぎた所得税が戻らない場合もあります。
また、年の途中で退職した人や、医療費控除などを受けたい人は、年末調整だけでは税額の精算が完了しないことがあります。
さらに、本来は還付を受けられる状況でも、申告しなければ自動的に返金されるわけではありません。

そのため、源泉徴収票や控除証明書を確認し、還付の可能性がある場合は確定申告を行いましょう。
手続きを済ませることで、払い過ぎた税金を取り戻せる可能性があります。

関連記事：【失業保険確定申告】初心者必見！必要なケースと完全ガイド

まとめ：派遣社員の年末調整と確定申告の違いを理解しよう

派遣社員の年末調整は、基本的に雇用元である派遣会社が行う手続きです。
また、派遣先企業では対応できないため、案内メールやマイページを確認し、必要書類を期限内に提出しましょう。

一方で、年末時点で雇用契約がない場合や、複数の派遣会社で働いた場合、副業収入がある場合などは、確定申告が必要になることがあります。
さらに、医療費控除や初年度の住宅ローン控除を受けたい場合も、自分で申告する必要があります。

年末調整と確定申告の違いを理解した上で、源泉徴収票や控除証明書を早めに確認し、税金の過不足を防ぎましょう。